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Como hemos dicho en el punto anterior, el tratamiento inicial fundamental de la endometriosis consiste en la extirpación quirúrgica o la destrucción (por ejemplo, mediante la electrocoagulación) de todos los focos visibles de la enfermedad, seguido de la liberación de adherencias, extirpación de quistes de ovario, etc. La cirugía bien realizada es el mejor tratamiento disponible en la actualidad.
Luego, las opciones complementarias al tratamiento quirúrgico, se adaptarán a cada caso en particular.

Cuando el síntoma predominante es el dolor y no hay deseo inmediato de embarazo, además de la utilización de analgésicos, debe realizarse tratamiento hormonal complementario. Las recomendaciones internacionales sugieren la utilización de gestágenos (derivados de la progesterona) o anticonceptivos combinados (con estrógenos y gestágenos). El empleo de sustancias que producen una menopausia medicamentosa (análogos de GnRH), administrados durante un período no superior a los 6 meses, se reserva para casos de excepción por sus costos y efectos secundarios.

Si la paciente tiene deseos inmediatos de fertilidad, no debe hacerse ningún tratamiento hormonal complementario contra la endometriosis, y debe procurarse el embarazo a corto plazo.

Si el embarazo no ocurre dentro de pocos meses luego de una cirugía exitosa, o cuando exista otra causa de infertilidad, se debe tomar una conducta activa para lograrlo. Las opciones son la estimulación de la ovulación o el empleo de técnicas de fertilización asistida de baja (inseminación) o alta complejidad (FIV o ICSI). En estos casos debe considerarse que, por los motivos referidos en el primer punto tratado (alteraciones inmunohistoquímicas), los resultados suelen ser menores que aquéllos correspondientes a pacientes que no presentan la enfermedad.
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• Si la paciente tiene deseos inmediatos de fertilidad, no debe hacerse ningún tratamiento hormonal complementario contra la endometriosis, y debe procurarse el embarazo a corto plazo.